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科研服務

真菌基因組de novo測序


真菌全基因組從頭測序(Fungi Whole Genome de novo Sequencing),是指對基因組序列未知或無近緣物種基因組信息的某個物種,構建不同插入片段的基因組DNA文庫并對文庫進行序列測定,然后利用生物信息學方法進行拼接、組裝和注釋,從而獲得該真菌的全基因組序列圖譜。



產品參數



產 品

文庫插入片段大小(bp)

測序平臺及測序模式

測序深度

交付指標

項目周期

框架圖A

400 ~ 500

Illumina MiSeq,PE251

~100 ×

無基因預測和注釋

30 個自然日

框架圖B

400 ~ 500

Illumina HiSeq,PE150

~100 ×

無基因預測和注釋

35 個自然日

框架圖C

400 ~ 500

Illumina MiSeq,PE251

~100 ×

含基因預測和注釋

40 個自然日

框架圖D

400 ~ 500

Illumina HiSeq,PE150

~100 ×

含基因預測和注釋

45 個自然日

 完成圖

400 ~ 500

Illumina MiSeq,PE251

~100 ×

簡單真菌1

Contig N50 ≥ 500 kb 復雜真菌2

Contig N50 ≥ 300   kb

 60 個自然日

20,000

PacBio

~100 ×


1、簡單真菌:35% ≤ G+C% ≤ 65% 且雜合度 ≤ 0.5%且基因組 ≤ 40 Mb 

2、復雜真菌:G+C% > 65% G+C% > 35%或雜合度 > 0.5%或基因組 > 40 Mb 

   Contig N50:將組裝得到的 Contig  按序列長度從長到短排序并依次累加,當累加長度正好達到序列總長度  50%  時,最后一條序列的長度。


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